分子生物學(xué)平臺

單細胞測序（英語(yǔ)：Single cell sequencing）采取優(yōu)化的下一代DNA測序技術(shù)（NGS）檢測單細胞的序列，可以獲得特定微環(huán)境下的細胞序列差異以方便研究其功能差異等。對個(gè)體細胞的DNA測序可以幫助我們了解例如在癌癥中的小范圍細胞的變異；對其進(jìn)行RNA測序可以幫助我們了解和鑒別不同的細胞類(lèi)型與其表現的基因，對研究發(fā)育生物學(xué)等有較大裨益。
 

單細胞測序的基本流程

 
分離單細胞
在全基因組擴增和測序前，有很多方法可以分離細胞個(gè)體，其中流式細胞術(shù)（FACS）較為常用。個(gè)體細胞可以用顯微操作來(lái)收集，這樣較為快捷而且成本較低，但是比較有技術(shù)難度，而且顯微鏡下對細胞的錯誤分類(lèi)容易影響實(shí)驗結果。激光捕獲顯微切割技術(shù)（LCM）亦可以用來(lái)收集單細胞。但是盡管激光捕獲顯微切割可以保留樣本細胞在組織中的空間位置，但是捕獲單細胞的時(shí)候容易連帶周?chē)毎奈镔|(zhì)。高通量的細胞個(gè)體分離還可以使用微流控技術(shù)。微流控技術(shù)和流式細胞技術(shù)都能準確而自動(dòng)地分離無(wú)偏樣本。但是，兩種方法都要求首先將細胞從其為環(huán)境中脫離，因此可能在RNA表達分析中造成對轉錄數據的干擾。
 
單細胞RNA測序
單細胞RNA測序也稱(chēng)scRNA-Seq。通常而言，一般的組織細胞RNA-seq實(shí)驗會(huì )產(chǎn)生1000萬(wàn)個(gè)讀數，如果一個(gè)基因的頻率超過(guò)50RPKM，即每百萬(wàn)讀數中每千個(gè)堿基中超過(guò)50個(gè)，這一基因即被認為有表達。泊松分布下，1kb長(cháng)的基因有超過(guò)500個(gè)讀數和4%的最小變異系數，即CV值；哺乳動(dòng)物細胞通產(chǎn)含有200,000個(gè)mRNA，因此至少要用50個(gè)單細胞一起才能到達最小CV值；考慮到逆轉錄的效率和環(huán)境干擾等因素，為得到準確的表達和細胞種類(lèi)的識別，需要使用的細胞數量實(shí)際要更多。
 

 
測序數據分析